Gesius estudió teología entre 1578 y 1585 en el Alma Mater Viadrina de Frankfurt (Oder). Trabajó desde 1582 como Kantor en Müncheberg y desde 1587 como profesor y músico en Schloss Muskau (ahora Patrimonio de la Humanidad). 

Edición discográfica con una obra de Bartholomäus Gesius

En 1588, comenzó a componer una “Pasión según San Juan” en alemán, para coro de cinco partes. En la primavera de 1593, Gesius se convirtió en Kantor en la Marienkirche, Frankfurt (Oder) y al mismo tiempo en profesor en la Ratsschule, hoy Karl-Liebknecht-Gymnasium. En 1613, compuso una obra en seis partes “Pasión según San Mateo” en latín. Murió el mismo año en Frankfurt (Oder) a causa de la peste.

Es conocido por la melodía y primera puesta en escena del himno de Pascua "Heut Trumpieret Gottes Sohn", en un texto atribuido a Kaspar Stolzhagen que se utilizó en varias composiciones, incluida una cantata de Dieterich. Buxtehude  y un preludio coral de Johann Sebastian Bach (BWV 630), concluyendo la sección de Pascua de su Orgelbüchlein. Fue publicado en su “Geistliche deutsche Lieder”] en 1601. Apareció en diecisiete himnarios. En el actual Himnario protestante alemán “Evangelisches Gesangbuch” , es el número 109.

Compuso numerosos himnos, salmos, misas, canciones y motetes. Su obra teórica principal es “Synopsis musicae practicae” (1609-1618), la cual consiguió gran estima en su tiempo.